神舟软件拥有七家控股或全资子（分）公司，是中国航天软件研发中心依托单位，与中国航天科技集团公司所属各院及浙江大学等联合成立多个研发中心，建立起覆盖全国的服务体系。同时，神舟软件立足发展航天软件产业，积极与国内外知名企业、研究机构等建立战略合作，利用航天内部的优势力量，结合合作方的优良资源，形成具有行业特色的软件产品链和服务链，为用户提供优质服务。